April 2021, badai siklon tropis seroja melanda Nusa Tenggara Timur. Habitat Indonesia segera melakukan tindakan tanggap darurat dengan turun ke NTT, yakni Adonara dan Lembata untuk membagikan alat atau bahan pembangunan rumah kepada 121 keluarga. Selain Adonara dan Lembata, Habitat juga melakukan pendataan di Kupang untuk memikirkan program apa yang akan dilakukan selanjutnya.
Juli 2021, Habitat mendapatkan donor yang mau bekerja sama untuk program tanggap bencana di NTT. Bekerja sama dengan Human Initiative, Habitat pun mulai membangun kembali Lembata dan bersama Wahana Visi Indonesia untuk membangun kembali Kupang.
Selama satu tahun program berjalan, akhirnya Habitat bersama Human Initiative berhasil menyediakan 73 hunian sementara, 27 penampung air hujan, dan 15 toilet di Lembata. Sementara bekerja sama dengan Wahan Visi Indonesia, Habitat berhasil membangun 85 rumah baru, memperbaiki 25 rumah, dan membangun 1 revitalisasi air bersih di Kupang yakni Desa Naibonad dan Oesao.
Selain pembangunan rumah dan toilet, Habitat juga memberikan pelatihan konstruksi kepada masyarakat setempat baik secara teknis maupun non-teknis guna menciptakan masyarakat, khususnya para tukang yang kuat dan paham mengenai kaidah konstruksi untuk menciptakan bangunan yang kokoh dan tangguh. Pelatihan tersebut dapat dinikmati lebih dari 176 keluarga. Selain pelatihan konstruksi, pelatihan pengelolaan sampah juga diberikan kepada lebih dari 100 keluarga demi menciptakan keluarga-keluarga yang peduli akan kebersihan dan kesehatan lingkungan.
Mengakhiri program tanggap bencana di NTT, Juni 2022 Wahana Visi Indonesia melakukan survei kepada masyarakat untuk mengetahui seberapa penting program yang telah diberikan kepada mereka. Dari hasil survei, ada beberapa hal penting yang disoroti hingga dilahirkanlah sebuah workshop pada Juli 2022. Habitat bersama WVI akhirnya mengadakan sebuah workshop yang membahas beberapa hal mengenai praktek yang baik dalam konstruksi, manajemen kebencanaan, dan hal lain yang berkaitan. Workshop tersebut dihadiri oleh para pemerintah daerah, masyarakat, dan elemen masyarakat lainnya. Dalam workshop tersebut, Habitat dan WVI berharap pemahaman yang dibagikan menjadi bekal dalam program kebencanaan ke depan khususnya bagi para pemimpin daerah sehingga nantinya dapat menggerakkan dan mengimplementasikannya dengan baik bersama masyarakat. Puncak dari penutupan program tanggap bencana ini akan dilakukan pada Oktober 2022 setelah Habitat menyelesaikan pembangunan 36 rumah lagi dan pembagian alat penerang berupa lampu kepada masyarakat NTT.